웅진백제역사관 건립은 송산리고분군의 자연경관과 역사성을 회복하기 위해 추진한 것으로 기존에 있던 관리사무소, 판매점 등을 철거하고 전시실 895.8㎡, 사무실 142.02㎡, 화장실 및 기타 399.61㎡ 등 연면적 1437.43㎡의 1층으로 지어진 웅진백제역사관은 주변 자연과 어울리고 역사적 이야기를 담을 수 있도록 조성했다.
전시 공간은 전시홀, 영상홀, 제1전시실, 제2전시실, 제3전시실로 구성돼 있으며, 기존에 있던 송산리 고분군 모형전시관과의 차별화를 위해 백제의 시간 속으로 거슬러 올라가 그들의 삶과 문화를 직접 체험하며 백제의 얼과 가치를 느낄 수 있도록 구성됐다.
영상실에서는 백제와 관련된 다양한 영상을 볼 수 있도록 했으며, 각 전시관별로 테마를 입히고 이야기를 담아, 역사는 물론 백제의 문화, 예술을 보고 느끼고 체험할 수 있도록 했다.
역사관의 위치는 주변의 풍경과 조화를 위해 낮은 위치에 자리 잡도록 해 자연속에 담길 수 있도록 했다.
외곽선은 금강의 물줄기를 형상화한 곡선으로, 외벽은 전벽돌을 차곡차곡 쌓아 만든 무령왕릉의 전축분 구조의 형태로 만들어 역사성을 높였다.